Supongo que si lo ejecutas desde el canal disco sera porque tienes chip...
Hay varios juegos que requieren una actualización para poder funcionar correctamente, unos actualizan solo los archivos necesarios para ejecutarse y otros actualizan tambien la versión de la consola. Si tienes de los primeros, deberías hacer una copia 1:1 del original (sin modificar), actualizar con el original y la copia deberia funcionar sin problemas. Si tienes de los segundos y no quieres upgradear la Wii, pues ya podrías usar alguna de las varias aplicaciones que hay para quitar los parches.
Pero vamos, por lo que comentais, seguramente el error sea porque teneis un backup modificado que requiere actualización, por lo que no se ejecuta correctamente.