Ya he encontrado como se parchea, ademas lo hice con un archivo GUI que me facilito bastante las cosas.
En cuanto a lo de que es mejor el emulador que trae por defecto el M3 perfect, goomba color, pues va a ser que no. Primero porque no lo trae por defecto tienes que meterle el plugin del goomba color alpha para poder jugar a las roms de GBC, y segundo el lameboy va bastante mejor, por lo poco que probado del Zelda de GBC, va a bastante mejor velocidad (59-60 fps); además tiene una opción que te hace un zoom (x1.5) y te amplia la imagen a toda la pantalla de la DS.
Mucho mejor el Lameboy.