Que yo sepa, la versión 3.0 ya impedía la ejecución de software por AR, pero eso no importa, ya que sigue funcionando el homebrew de GC en modo GCOS.
La 3.1 de momento no ha implementado medidas nuevas de seguridad, y además ni siquiera se sabe si nintendo bloqueó a propósito el AR (cosa absurda bloquear eso y no bloquear el GCOS u otros...) o fue un efecto colateral de actualizar el firmware del lector.
En cualquier caso, yo tengo la 3.1 y me van perfectamente los juegos de GC en GCOS. No asustemos a la gente xd