En muchas ocasiones ese tipo de comisión por descubierto está aplicada de forma improcedente y es totalmente reclamable, hay gente a la que se le devuelven cientos de euros al reclamar varios años. Para que estuviera bien aplicada se tendría que comunicar de forma fehaciente, nada de correo ordinario, un sms o una llamada.
Hay muchisima información sobre cómo reclamar, pero a modo de resumen, primero pides (mediante carta certificada con acuse de recibo) al servicio de atención al cliente del banco que te detalle todas las veces que te la han cobrado, con fechas exactas, importe e intereses que también hayan podido aplicar. Una vez recibes la información, haces cálculos y vuelves a mandar otra carta en la que solicites que te devuelvan el importe.
Hasta hace un tiempo, tenían un plazo máximo de 2 meses para contestar a cada carta, de lo contrario directamente reclamabas al Banco de España (porque no te hayan mandado la información o porque no te hayan devuelto el dinero) y ellos ya se encargan, aunque no sea vinculante su resolución.
Esto resumiendo mucho, pero es sencillo, solo tienes que buscar los modelos de cada carta y mandarlas. Y sobre todo esperar, porque puede ser cuestión de bastantes meses, sobre todo si no contestan o intentan alargar al máximo los plazos y tienes que acudir al Banco de España. Busca en google los modelos de carta, hay hasta foros sobre el tema.
Y sobre todo no pierdas el tiempo en la oficina con estas reclamaciones, manda las cartas y te ahorras discutir con nadie, ya se pelearán si quieren con el BdE.