Es una pregunta con muchos matices, y realmente la respuesta depende de muchas cosas, pero en términos generales, sí, tendrás los mismos comandos en una y en otra.
Ambos sistemas te ofrecerán GNU Bash como intérprete de comandos, y ambas son basadas en Debian, así que muchas cosas serán básicamente idénticas.
Pero lo dicho, depende mucho de que quieras hacer y tal...
Lo ideal sería que dijeses cuál es tu objetivo.