Tanto como recomendar no es. Quiero decir, con LyX es más fácil, sí, pero no necesariamente mejor. Es posible que yo no lo haya encontrado, pero por ejemplo no sabía como poner sumatorios con límites, o integrales definidas, así que me tocó meterlas a código (se pueden hacer textos mixtos). Ahora mismo estoy aprendiendo a usar LaTeX a pelo, porque total, las ecuaciones sé meterlas a pelo, a negrita, el subrayado, etc, también, así que solo me queda aprender a hacer el cuerpo.
Respecto a tu problema, ni idea. Mira a ver si LyX te la coge, que supongo que leerá archivos .tex sin problemas.