Siendo autónomo, él se ahorra pagar la Seguridad Social tuya (a él contratarte le cuesta realmente 600 de sueldo + 600 de SS al mes, por ejemplo). Además, te pagará la cuota de autónomo más básica que hay (260€) y seguramente en negro (te da dinero en mano para que la pagues tú) o como factura amañada.
Siendo autónomo, no tienes derecho a paro, puede romper el "contrato" en cualquier momento sin tener que indemnizarte, no tienes vacaciones, no tienes seguro de baja médica... estás sujeto a él, y él no arriesga nada contigo.
La ventaja de ser autónomo es que trabajas por tu cuenta, sin depender de nadie y con tus normas (tu mismo eres el jefe), pero si estás sujeto a una persona externa, y sin seguro ni cobertura detrás, para él es un chollo y tú a la larga tendrás problemas.