busca un programita llamado tweakui (es de microsoft). en la pestaña Paranoia verás varias opciones. Abajo tienes dos, denominadas Play audiocds y play data cds automatically, si marcas la primera los cds de audio se autoarrancarán, con la segunda los de datos.
Para que esto funcione debes haber activado la opción de notificación de autoinserción en la unidad de cd/dvd correspondiente, en Panel de control -> Sistema.
Por cierto, viendo el comentario de angelrsl también se me ocurre que alguna utilidad (en especial me vienen a la memoria las de creative que se ejecutan al arrancar el equipo) tenga su propia configuración que gestione el auto-arranque a su modo.
salu2