La bios no se te queda como trabada donde tendria que detectar tu lector?
Comprueba que este bien conectado todo y demás, pero igual si que es asi y si el firm esta mal flasheado, tal vez sea normal que la bios le pregunte a ese "trozo de hardware" a ver que carajo es, pero como el firm esta vacio, que no le conteste nada... pero tal vez, aun asi, en ese puerto de hardware, aun haya "algo" y puedas recuperarla...
Dices que window sno te arranca... ¿Has probado a desenchufar tanto corriente como datos del lector, a ver si win te arranca?