La mejor recomendación es que, si puedes, evites todo lo posible el uso del lector y uses un disco duro. Si ya de por si el lector de la Wii parece más frágil que el esmalte dental de un yonki, si encima lo fuerzas haciéndolo trabajar más tiempo usando backups (para eso mejor un chip, que permite una lectura a 6x) te va a durar bien poco.
Si te preocupa mucho puedes hacer uso de la garantía, a ver si te lo reparan o te ponen uno nuevo, y desde ahí empezar a usar un USB loader de los que corren por el mundo.