Con evince, tienes que tener la barra lateral (F9), poner anotaciones y añadir. Una vez allí, tocas el icono de la anotación y la pones donde quieres. Una vez con la barra al lado, cada vez que quieras hacer una anotación tocas el icono y el lugar. Puede que no sea tan rápido como click secundario, pero no me parece especialmente lento tampoco.
Ya sabia que Adobr no queria hacer versiones nuevas, pero hasta hace poco podias instalar las viejas. De hecho, adobe aun es necesario para abrir algunos documentos.