En general no es fácil interactuar con el exterior desde un PC, salvo que sea algo tipo un ordenador industrial que suelen tener DIO programables y un SDK con librerías y una breve documentación que te dicen como hacerlo.
Como te comentan, una solución fácil y elegante, a mí no se me ocurre. Soluciones algo más elaboradas, hay muchas, por ejemplo lo que te comentan de usar un arduino y mandarle el comando para lo que quieras hacer con los LEDs por el puerto serie virtual es una opción. Otra opción es controlar el arduino con una señal PWM de un ventilador, por ejemplo, que funciona a 25khz y es razonablemente lenta como para leerla con el arduino (puedes hacer que el duty cycle del 0% sea los dos leds apagados, 25% solo verde, 50% solo rojo, y más de 75% verde y rojo). Lo de los relés USB también me parece relativamente fácil, pero quizás un poco matar moscas a cañonazos si es solo para un led.
También si la placa tiene header para leds RGB, todo es cuestión de mirar si el fabricante proporciona algún tipo de SDK para programar esa salida y llamarlo desde el script.
Saludos
