Buenas!
Pues lo primero que se me ocurre es que los discos de 3,5" necesitan mucha más potencia para funcionar.
Una sencilla búsqueda en Google nos indica que, sólo de 5400rpm a 7200rpm, sin tener en cuenta el tamaño, aumenta el consumo unos 2w.
Aparte, la densidad de datos también influye. Si el disco tiene la misma cantidad de platos, pero más capacidad, significa que tiene que leer más datos por cada sector, lo que puede influir en el rendimiento.
Mi consejo es que compres un disco de 2,5" y 5400rpm aunque te salga mucho más caro.
Pero vamos, lo que se me ocurre. Que puede ser otra cosa.