Compi me pasa lo mismo, te lo explico por qué a mi me hubiera gustado que alguien me lo explicará cuando tuve esos problemas.
1 Cuando la película contiene sonido dts aunque sea el audio secundario no se reproduce, ósea si el castellano es en ac3 y el inglés en dts error al canto.
2 Cuando está comprimida la cabecera de la película error al canto
3 Cuando el mkv tiene división por capítulos error al canto
4 Cuando el idioma y bandera por defecto no marca el idioma por defecto error al canto
Si es un engorro tener que estar revisando todo esto.
Con mkvtoolkit se puede solucionar todos los casos