Mi briconsejo para estos casos es hacerlo todo a mano y no usar programas (cosas mias).
Si gastas juegos japoneses, extrae a tu HD el archivo "kr0.pgf" (fake font coreana by D_A) de la carpeta "font" de tu flash0 y la renombras a "gb3s1518.bwfon" (sombra de las fuentes asiáticas en general).
Luego sustituyes ese archivo por el que hay en tu carpeta "font"
Eso te dará cancha para customizar aunque puede que necesites algún extra (redirección del gameboot.pmf, por ejemplo) y notes los caracteres japos un poco "apagados" (solo molesta si sabes lo que ponen).
Si no gastas ni piensas gastar juegos japoneses, extrae a tu HD el archivo "kr0.pgf" de la carpeta "font" de tu flash0 y la renombras a "jpn0.pgf".
Luego sustituyes ese archivo por el que hay en tu carpeta "font"
Ah, y haces lo anterior
Esto te dará mucha cancha (2,5 MB aprox.), suficiente para cualquier customización que quieras hacer (aunque si piensas flashearte themes enteros, tienes que tener cuidadín de todos modos, porque algunos van "cargados").
Salu2.