Yo soy un total analfabeto en licencias, pero digo yo que, por similitud con el caso del Kernel, si es posible publicar tu CGI bajo GPL.
El kernel es GPL y con él pueden usarse aplicaciones/liberías propietarias como por ejemplo los drivers Nvidia o ATI. Eso si, dichos drivers los instala el usuario por su cuenta y no se distribuyen con el kernel.
Siguiendo este patrón, entiendo que siempre que no distribuyas la librería propietaria y sea el usuario final el que la baje, instale, compile y linke con tu código, no debería haber problema.
A ver si alguien más puesto en leyes te orienta.
Saludozzzzzzz