Con MDK:
1) Arrancas con el primer cd y le das a F1 cuando te da la opción.
2) Te dirá algo así como boot: entonces le indicas que rescue:
es decir boot: rescue y le das a intro.
3) Te dará una opción de recuperar el cargador de arranque
Con Knoppix:
1) Arrancas con ella
2) su ( intro )
3) mkdir /mnt/temp
4) mount /dev/hdXY /mnt/temp (X,Y lo que corresponda a tu particion raiz de mdk)
5) chroot /mnt/temp
6) lilo
7) exit
8) umount /mnt/tmp
9) reboot
PD: no sé si es todo corrrecto, lo hago de memoria. Deberías hacer uso de la búsqueda avanzada que si no me equivoco se ha explicado muchas veces.
Saludos