Hola.
La diferencia es q mientras LiLo confia casi por completo en los maps (archivos de configuración de unidades y sistemas de ficheros) Grub intenta liberarse de ellos durante el arranque lo mas pronto posible ya q puede acceder al sistema de ficheros a traves de su ruta y no de los numeros de bloque, por lo q es más seguro.
Además si retocas el archivo de configuración no debes ejecutar el grub para q los cambios tomen efecto al reescribirlos en el MBR, si no q una vez guardados los cambios tomarán efecto al arrancar.
Salud y libertad.