Todo es especulación. Que yo sepa no hay prueba de si formateas quedan o no quedan rastros.
Por mi experiencia, en mi Nintendo Switch he usado CFW, LayeredFS para "backups" siempre en Modo Avión (y luego iniciando en OFW con conexión a WIFI) y no fui baneado.
También he instalado NSP (siempre en Modo Avión) hace unos meses atras. Despues he formateado mi consola (sin restaurar Nand) y sigo jugando sin Ban, han pasado meses.
En resumen, yo he formateado para borrar NSP hace meses y aun sin Ban.
No se si estaré en la lista o si el formateo elimina los rastros.