si sabes el nombre del virus lo mismo hay herramientas específicas para desinfectarlo
me parece que intentarlo mediante un livecd de linux puede ser más destructivo que el virus en sí
antiguamente las suites de antivirus traían discos de rescate (aunque requerían tener el antivirus previamente instalado) mira a ver si existen cosas parecidas hoy en día que te pueda servir
EDIT: sabes que tienes un virus o crees que tienes un virus?