Lo primero es tener sentido común, no aceptar cualquier cosa...
El principal pilar de la seguridad en Linux es el uso de permisos y cuentas restringidas (de usuario), siendo necesario escribir la contraseña (password) para tareas administrativas. Windows (XP) por defecto usa una cuenta de administrador. Luego viene los problemas que ello acarrea...
Si de repente sin solicitarlo te pidiese la contraseña de root, algo raro se anda cociendo... así que ojo.
También usando Firefox+NoScript se evita miles de scripts dañinos.
Saludos.