si te refieres a wubi, las limititaciones son pocas, pero ten en cuenta que es una instalacion "real" en un disco duro virtual, lo de "como aplicacion de windows" se limita a la instalacion y desinstalacion, por lo demas es lo mismo, sin particiones, todo el sistema se instala en una carpeta que contiene el hdd virtual, pero para entrar en ubuntu tendras que reiniciar y arrancarlo.