Eso depende mucho de los gustos de cada uno y para qué se utilice el ordenador. Yo te recomendaría que echaras un vistazo por "Aplicaciones"_"Añadir y quitar...", seleccionando en el menú de la esquina superior derecha que se muestren "Todas las aplicaciones disponibles".
Por nombrarte algunos programas que yo tengo instalados: "Contraseñas y claves de cifrado"; "Qemu", que uso para tener disponible una máquina virtual con Windows98; "VYM", un programa de mapas conceptuales; "Comix"; "QCAD", "Amule"; "Firestarter", para configurar el cortafuegos de Linux; "Liferea", un lector de feeds; "Tremulous", un juego de acción en primera persona, que enfrenta a aliens y humanos; "XChat-gnome", para conectarme al IRC; "Wine", sirve para hacer funcionar programas de Windows en Linux, y funciona bastante bien; etc.
Si no encuentras en "Añadir y quitar..." un programa para alguna necesidad, siempre puedes probar buscando en "Sistema"_"Administración"_"Gestor de paquetes Synaptic". Lo "malo" aquí es que las descripciones de los paquetes están en inglés. Un ejemplo: desde el Synaptic me bajé el kdocker, un programita que te permite mandar cualquier ventana a la bandeja del sistema.
Un saludo.