Amarok va perfecto ya que hace uso de la librería libgpod. Podrás seguir usando tu iPod sin tener que "emular" iTunes con Wine ni hacer cosas raras. Vamos, yo uso un iPod Classic en Debian hasta hoy 0 problemas.
Llevo usando Amarok mucho tiempo y desde luego no lo cambio por nada. De hecho hace algún tiempo estuve usando Mac OS X, pues es el SO que me venía con mi portátil (es un iBook) y eché muchísimo en falta Amarok. Incluso lo acabé compilando para usarlo en lugar de iTunes.
Un saludo.