Con chip claro que necesitas la consola actualizada. De hecho, si metes un backup y necesitas algún IOS para jugar y no está en tu consola, te pide actualizar. Por otro lado, el hecho de pasar la iso por el Scrubber para eliminar los datos basura y que pese menos no es ningún problema, pero si eliminas la partición de las actualizaciones, por ejemplo, ya tienes ahí una iso trucha.
Riesgo para la consola no hay ninguno (a menos de que se apague la consola en medio de la actualización) y de hecho es recomendable actualizarla. Sí es posible que se pierdan los cIOS y el Homebrew Channel si los tienes instalados, pero hoy en día s pueden reinstalar sin problemas sin importar la versión de la consola.