Es que ha tenido que ser eso, un fallo en el cartucho o la batería te borra la partida entera, o hace injugable el juego, no te elimina datos específicos, en este caso los pokemons que tienes en tu partida. Es como si me dices que en tu disco de Final Fantasy te cambia los componentes del grupo solo o te hace aparecer en otro punto de partida o algo así xD