Creo yo que el unico problema que habra es y sera el poder transferir datos entre la SC..osease pokes de la version GBA a la version NDS...Obviamente en el original se tranfieren entre los slots GBA/NDS..El mismo problema lo podemos ver en Pkmn Dash asi que para prueba estara bien ya que si vas a hacer mas, mejor comprate el original (aunque en lo personal todavia no me convence)
Por ende lo del reloj va en la consola y no en el cartucho,Logicamente no habra problemas en esa area...