Si te refieres a AVIs es que no pilla los dual. Pilla la primera pista de audio que se encuentra (y la otra como si no existiera). De todas formas es bastante sencillo y rápido (no hay que recodificar por lo que el proceso puede tardar un par de minutos) hacer un nuevo AVI con una sola pista de audio con programas como el VirtualDubMOD o el AviDemux.
Si te refieres a otros formatos ya ni idea, pero con DVDs y WMV no deberías de tener problemas con esto.