El hecho de que sea 3.0 o 4.0 tiene un 90% de márketing y un 10% de realidad. Y el 10% de realidad solo por las poquísimas controladoras/memorias flash para las que realmente es un cuello de botella tener "solo" 3.500MiB/s de ancho de banda.
Pasa como con los pendrives USB3.0 que escriben a velocidades de pendrives mediocres de hace 20 años, la interfaz será muy rápida, pero lo mismo te da porque la escritura es lenta salvo un pico de unos pocos gigas hasta que se gasta la caché SLC.
Yo pondría el SSD bueno para el sistema, tanto si es 3.0 como 4.0. En el slot que va al procesador, por latencia (que es el slot 4.0). Porque el SO suele aprovechar más valores de lectura/escritura aleatoria altos: para temporales, para memoria virtual, etc. y en los juegos no se suele notar demasiado en los tiempos de carga.
Saludos