Yo tengo la versión SD, y va perfectamente. Aunque también es cierto que, como la CF lleva más tiempo en el mercado, hay algunas cosillas por ahí que de momento sólo tienen versión para M3 CF (Moonshell, por ejemplo), aunque también hay otras muchas que tienen versiones para CF y SD (DSLinux, etc). Otro aspecto diferenciador es que la versión SD sobresale menos de la consola que la versión CF.
Total, que si ya dispones de alguna tarjeta, intenta aprovecharla y, si no, ninguna de las 2 versiones te dará ningún problema a la hora de cargar homebrew y tus copias de seguridad (la compatibilidad con los juegos es en ambos casos la misma), y las dos tienen el mismo precio...
P.D. Por si te ayuda, hay en el foro un análisis del M3 CF por Sergitron muy currado y muy completo. De la versión SD no he visto ninguno por aquí
