CF es mas grande y consume mas.
En relacion precio/velocidad te puedes encontrar de todo, mas baratas en SD o en CF depende de la tienda y la marca.
Yo te recomiendo SD, mas ke nada porke poco a poco "creo" ke cada vez se extiende mas en las flashcarts, la mayoria de las cosas "solo compatibles" con CF se debe, a ke en un principio solo existia CF, pero eso esta cambiando.