Buscate la ultima version del firmware del M3 DS REAL.
Formatea la tarjeta de memoria, y metele el ultimo firm Sakura o DS Touch, el que mas te guste.
Vuelve a probar el juego a ver si ahora va bien. En caso de vuelva a pasar lo mismo, vuelve a formatear y cargar el firmware otra vez.
Busca la ultima version del YSMenu, creo que es la 6.97, busca instrucciones de como funciona la version para M3 DS Real y vuleve a probar el juego. Este añadido da compatibilidad con juegos mas nuevos.
Salu2s.