Prueba a formatear la tarjeta en fat32. Si no va y tienes acceso a otra tarjeta, pruebala (para descartar que no sea la tarjeta). Si te va el modo gba puedes probar también con eso o con homebrew que no requieren parchear la rom (asi descartas el gamemanager). Si nada de eso va bien, es que estará estropeado.
PD: ¿Antes te funcionaba o es nuevo?