Para quitarte de encima lo que le falta el .dat, mejor pasarlos por el parcheador del m3, con la opción direct copy, así te creara un save y ya no te lo pedirá más. Lo que pasa es que m3 siempre "mantiene" un save que luego tiene que guardar, aunque antes no hubiera ninguno, es un problema de la tarjeta.
Lo del DSorganize, es un problema del homebrew, no puedes hacer mucho ^^U. Para m3 este homebrew no es muy bueno, las DLDI están medio incompletas y me falla un montón cuando escribe.