Hola:
Yo tuve el mismo problema, y lo solucioné grabando el archivo updagcsd.e35 en la tarjeta, y actuaclizando desde gba. Para ello quita la passcard de la NDS y enciende la consola, cunado se halla actualizado el firmware, saca la tarjeta, quita el archivo que has copiado (updagcsd.e35), pon de nuevo la passcard y enciende la NDS, y te debería funcionar otra vez tanto los juegos de ds como los de gba.
Ya me comentarás si te ha funcionado. Un saludo,