Un mensaje mas arriba puse la respuesta prueba esto.
Te aviso de que tengo la ultima version del m3, es decir creo que es la e16, no estoy seguro, ten instalado la ultima version del firmware del m3sd, que tambien uso yo, aqui te dejo el error que tenia yo y como lo solucione, tambien te aviso, que tienes que parchearlos.
Soy un poco tonto, se por que no me arrancaban los juegos de GBA, con mi M3 SD, con la targeta de un 1GB de kingston. El fallo que hacie era tonto, ya que lo intentaba arrancar del modo NDS. Si una vez que estas dentro del menu del M3 pulsas la tecla Start, y pasas al modo GBA, desde hay si lo intentas cargar funcionan los juegos.
Uso la la ultima version del firmware la e16, la tengo flasheada con la v6,y el game manager es el ultimo.
Espero ayudar a si a la gente que como yo tenia problemas.
Un saludo a todos.