¿Cual es el archivo que pones en la raiz de tu tarjeta?
Si tu tarjeta es SD tienes que poner este: updagcsd.e26
Y si es CF este otro: updategc.e26
Cuando arrancas la DS con el Update en la raiz de la tarjeta y te sale el mensaje del inicio de la actualización tienes que pulsar START, ya que con A anulas la instalación.
Despues te tiene que salir la pantalla en negro, con estas letras en blanco:
Updating...
Espera un rato, y te aparecerá "Updated!" y un mensaje diciendote que ya ha finalizado. Y ya esta. Despues borra la actualizacion de la tarjeta, porque si no siempre que la enciendas querrá actualizar.
Saludos.