En realidad el verbo "Funcionar" en este caso tiene muchos matices.
Si como funcionar defines el hecho de que arranque el juego y te deje jugar algunas fases, entonces puede ser que sí, que se llegue al 90% de "compatibilidad" con roms-nds.
Sin embargo si como funcionar entiendes que el "backup" tiene exactamente las mismas funcionalidades que el juego original, entonces el porcentaje baja considerablemente. Por ponerte varios ejemplos que podrías encontrar en cualquier lista de compatibilidades del ninja en el resto de foros ( a parte de los que tu mismo comentas y que no funcionan de ninguna manera (english training, 42 juegos de siempre)):
Ouendan -> Se cuelga aleatoriamente en mitad de cualquier canción- Juego inservible.
Elite Beat agents -> mismo problema que el anterior, aunque posiblemente el indice de bloqueos es menor.
Lost in blue-> No se puede grabar -> juego inservible a menos que te lo pases de una tirada.
Trauma Center-> Mismo problema que el anterior.
Fifa 07-> Problemas guardando configuracion y no funciona la conexion wifi-> Adios a las partidas con los colegas.
Animal crossing-> realentizaciones en el paso de pantallas, atascos aleatorios que obligan a recopiar la rom en la memoria.->fallos que te hacen perder el interés en juego un poco más rápidamente de lo normal.
Mario and Luigi partners in time-> al llegar a cierta fase avanzada el juego se cuelga siempre-> juego inservible a partir de entonces.
star treck nosequé-> al llegar a cierta fase el juego se cuelga siempre-> mismo problema que el anterior.
etc...
Realmente a poco que te gusten un par de juegos, será facil que alguno se encuentre en la lista de los que "medio no funcionan".
Pese a todo estos problemas no serían tales si no fuera por el estado de semiabandono debido la escasa información que por parte de los desarrolladores del Ninja Team estamos recibiendo sus usuarios. Por eso mi consejo a todos los que estan pensando comprarse el NinjaDs,sin animo de crear polémica, es esperar y ver como se desarrollan las actualizaciones.
El boqueron siempre sabio nada con prudencia.