Pues con los datos que estas dando, lo normal es que la 3ds haya sido actualizada y el cartucho M3 no funcione para tu firmware actual, pues en la DS normal si te sigue funcionando, y es muy posible que ya no tengan soporte, intenta entrar en la web del desarrollador de tu flashcard y meterle el ultimo firmware disponible, a ver si se soluciona asi.