si basas tu compra en los juegos olvídalo porque cargan igual de bien en ambos cartuchos.
la compatibilidad de homebrew yo diria que es similar pero como en ambos van a liberar las librerias es probable que en algún momento haya alguien que adapte las aplicaciones para que funcionen. En eso si es cierto que el ezv va un poco más adelantado ya que algún usuario ya adaptó el dsorganizer pero con el tiempo es probable que se equipare el tema.
el directorio saves si es práctico aunque siempre puedes hacer una búsqueda desde el explorador de windows *.sav para que te aparezcan todos en la misma ventana.
el ezv es sólo unos pocos euros más barato que el m3 simply asi que tampoco es que decante la compra mucho.
el menu del m3 es más gráfico mientras que el ezv es más tipo de explorador de windows. El primero es más vistoso que el segundo, pero el segundo permite estructurar muy bien carpetas y archivos.
Nu se, compres el que compres será una buena compra.