Hola, ante todo vayamos por pasos:
siempre que quieras usar una aplicacion homebrew, sobre todo si es en m3 simply, parchea con las librerias dldi. (Mira aqui para el tutorial:
http://www.area-ds.com/forum/viewthread.php?forum_id=21&thread_id=175
esto sirve para compatibilizar los programas con los distintos flashcarts. En el mismo tutorial te dan enlaces a las descargas del parcheador y drivers. todo sencillo y rapido.
Los skins: si tienes adobe photoshop sera mas facil. mira primero que todas las imagenes tengan mismo tamaño, resolucion, formato y tipo de color (creo que es rgb pero no lo tengo seguro). si esta todo bien y aun asi no funciona haz lo siguiente.
1- Abre con photoshop un skin que si te reconozca la ds (llamemoslo XX) y el que quieres que te reconozca (YY), a la vez. Conviene que sean del mismo nombre de archivo, por ejemplo, los bckgrd_2.
2- Marca XX y abre en la barra de tareas "Imagen>Tamaño de Imagen..."
3-Apunta los numeros que se indican en el recuadro "Dimensiones en pixeles" Importante, deben estar medidos en pixeles y deberian ser 256x192 px
4- Ahora marcas YY y abres de nuevo Imagen>"Tamaño de Imagen..." y lo modificas con los datos que anotaste de XX. en realidad no deberias necesitar hacer esto puesto que deben tener el mismo tamaño, pero por si acaso yo siempre lo hago.
Ahora, en YY das "Seleccion>Todo" y luego "Edicion>Copiar"
5- Vas a XX y "Edicion>Pegar". Ahora XX debe tener la imagen de YY encima cubriendo totalmente la imagen original.
6- Seguidamente vas a "Capa>Combinar Visibles"
7- Guardas el proyecto como .bmp manteniendo el nombre original (_bckgrd_2 en este caso). Ten cuidado porque se reescribira la imagen XX. Si quieres conservar el skin original haz una copia de seguridad (te lo recomiendo por si lo vuelves a necesitar)
Ahora lo metes en la micro sd en"x\_system_\themes\themexx" donde xx es un numero (01, 07, 16...) y lo pruebas en la ds.
asi es exactamente como lo hago yo para que funcionen los skins que me dan problemas, espero que se te solucionen a ti tambien.
Ahora, lo del Beup. esto es bastante complejo. Lo importante es que configures muy bien la conexion wifi de tu ds por medio de algun juego, preferiblemente configuracion manual, aunque es mas complicada y te obliga a conocer bien algunos datos ocultos del router. te recomiendo que para eso busques un buen tutorial, porque yo solo lo he hecho una vez y no me acuerdo bien.
Espero haberte sido de ayuda. un saludo