Pones la nueva actualización en la raiz de la tarjeta, sin quitar nada. Despues enciendes la consola; Te preguntará si quieres actualizar, Confirmas que sí apretando start y esperas a que termine (Durante el proceso aparecera en la pantalla "Updating...").
Despues, lo pruebas o apagas la consola. Pero no te olvides de borrar la actualización de la tarjeta, porque si no, siempre que enciendas la consola te preguntará si quieres actualizar.
No tienes que cambiar ni borrar tus carpetas.