Sí, el M3 funciona en el GB Player de GC (sí, lo he probado yo mismo).
Y la pregunta de lo de la NDS, es imposible. Tú conectas la GC con la GBA por medio del cable apropiado (GC-GBA). Hasta ahora vamos bien, pero cuando enciences la GBA, el M3 arranca como si estuviera en una GBA y no en una NDS, así que no reconoce ninguna extensión .nds
Bueno, espero que te haya servido de ayuda.
Saludos
