Hola, como tengo tiempo te contesto, aver, lo que tienes que hacer es instalar los drivers del CD en tu PC, hay, con el M3 game manager (si ya lo tienes instalao porque te lo bajasté de internet, muy bien) le das a write Nds tras seleccionar si es SD o CF y marcas las dos primeras opcciones, los del L+R+X+Y+A+B (software reset me parece que pone eso) y lo del Real Time o algo así, lo otro lo dejas como lo tengas, supongo que te vendrá bien porque a mi me venía así, luego, cuando la rom esté parcheada , le tiene que meter a la raiz de la tarjeta SD o CF una carpeta que te habrá creado de NDSave o algo así y la rom parcheada (IMPORTANTE: Es sobre otra que te habrá creado, no sobre la que dijiste al dar a write nds)
Te pongo solo de Nds, pero busca un poco en google y encontrarás estupendos tutoriales, un día de estos crearé uno.
Salu2.
EDITO: De tarjetas te recomiendo SanDisck o Transcend.