El Mac mini, no es un equipo complejo de desmontar, eso si, tendrás que sacar entero el equipo de la caja para poder llegar al disco duro, pues está al final del todo. El SSD en interno te funcionará mejor. Si necesitas tirar de garantía, con devolver el HDD a su sitio debería bastar, ya que este equipo no trae ninguna pegatina ni nada que marque algo para la garantía.
Igualmente es un proceso que si lo haces con calma, no te debe llevar ni mucho tiempo ni darte complicaciones, ya que tiene pocos cables que quitar y todo es medianamente accesible. Yo lo cambié en uno que tuve el año pasado y fue realmente facil, eso si el cable del ventilador anda algo durillo, te recomiendo quitarlo suavemente y con paciencia, si le jalas fuerte puedes sacar el conector (nada complicado de volver a poner por que eso de plástico y va encajado).
Pero el rendimiento será mucho mejor, como creo recordar que ya dije, este equipo sin SSD para mi es intratable, ya que es extremadamente lento.