Buenas, mi opinión:
Mac Mini, el último modelo fue lanzado en 2012 y el i5 que lleva es de arquitectura Ivi Bridge. El iMac que estarás mirando también será el último modelo, sin embargo este es de 2014 i5 de arquitectura Haswell o si es de 2013 también lleva Haswell y es algo más veloz.
YO no me compraría ahora mismo un Mac Mini ya que su periodo de renovación es inminente, de hecho debería de haber sido renovado hace tiempo. Es posible que lo compres hoy y se renueve en muy poco tiempo. No es por 'tener lo último', sino en no pagar por lo último cuando no lo es.
Yo optaría por un iMac aunque si estás planteandote un Mac Mini + pantalla quizás pueda volverte algo más loco recomendando un Macbook Pro Retina 13'' más una pantalla externa para casa o si no necesitas esa potencia extra un Macbook Air de 13'' con la pantalla externa que tu elijas.
En cuanto al SSD o Fusion Drive: yo tengo SSD en mi MBR de 15'' y va muy, muy rápido, todo. Y un Fusion Drive en mi iMac de 27'', la diferencia de lectura y escritura se nota pero tampoco es grande ya que como sabrás Fusion Drive gestiona muy bien las aplicaciones y archivos que usas para desplazarlos de la memoria convencional a la unidad de estado sólida.
¡Me suscribo al tema por si tienes más dudas o preguntas!