Segun me ha respondido Entity en el foro Ps2Newz, el problema puede ser el calentamiento del Magic3.
Soluciones propuestas:
1) Colocar el chip cerca del ventilador.
2) Colocar una goma conductora de calor sobre el chip, de modo que cuando cerremos la consola, la goma haga contacto en el chip y en la placa de hierro. Esta goma se puede conseguir de los lapiceros de toda la vida, cortandola con la forma del chip, segun dice Entity.
En mi opinion, no es necesario ningun condensador ni nada por el estilo en la linea S. Yo ya lo he probado y me funciona peor que antes. Tampoco es necesario un condensador entre 5v y GND. Voy a probar la solucion de Entity y luego os comento.
PS: lo de "freir" la ps2 es algo que no creo que pueda suceder. El chip Magic3 no envia demasiados SCEX, porque de hacerlo lo haria en todas las consolas, no solo en algunas, y por tanto el Magic3 deberia llevar el condensador incluido en el propio circuito. El eolo lo necesitaba, pero el Magic3 es completamente diferente. Lo que si puede pasar es que friamos el chip Scenix del Magic3. Empecé a trabajar hace 4 años con estos chips, y os aseguro que se funden que da gusto: no dejan de funcionar, pero se hacen menos estables.