Uhm... supongo que usaras los filtros desde gmail, como es en mi caso. Yo también tengo etiquetas personalizadas, y lo que hago es que cuando detecta cierto email, primero le pone etiqueta XXXXX y luego lo archiva y con esto, lo quita de Recibidos de Gmail, y por lo cual, de la carpeta Entrada del Apple Mail. Con eso solo se te notificara el mensaje en la carpeta... pero claro, si haces lo que he puesto en el mensaje anterior... esos mensajes no apareceran en el dock.
Es un poco lioso, pero sería más fácil si Apple Mail te permitiera elegir de que etiquetas quieres recibir notificaciones, porque una, ninguna o todas no es una solución factible.... jejeje
