las aplicaciones KDE (y el propio escritorio) usan la librería gráfica Qt, mientras que Gnome y sus aplicaciones usan Gtk. Por el simple hecho de cargar Gnome, se cargan en memoria las librerías Gtk, de manera que todas las aplicaciones gtk pueden tirar de ellas sin problemas. Si además cargas una aplicación Qt, te carga todas las librerías Qt, únicamente para hacer funcionar ese programa... a parte de lo que ya te han comentado del lío de dependencias y saturación de paquetes instalados.
En otro orden de cosas, mplayer es en esencia un programa cuya interfaz no es más que una ventana con el vídeo que se esté reproduciendo, sin ni siquiera controles de navegación por el fichero en pantalla. Todos los demás programas basados en mplayer lo único que hacen es poner éste marco para mostrar controles, configurar el reproductor, etc. Evidentemente, no todos los programas muestran las mismas opciones de configuración, pero eso no significa que no existan. Busca el archivo de configuración de smplayer en tu carpeta personal (para verlo, pulsa Ctrl + H para mostrar archivos ocultos) ábrelo, copia las líneas que te interese, y pégalas en el de gmplayer.