Me parece extraño que haya sido con cal, ahí hay algo más.
Ni se te ocurra aplicar vinagre, limón, viacal y demás, es abrasivo para ese tipo de piedra y altera sus propiedades.
Me pasó algo similar con una encimera de Silestone y aprendí una cosa, déjalo como está. NO la toques. A partir de ahora sólo agua y jabón.
Todo lo que hagas a la encimera intentando revertir el color probando cosas randoms va a ser a peor y extenderás el problema. Ese color no va a volver.
Tienes 2 opciones,
1- asumirlo y aprender a vivir con la mancha,
2- o como han dicho más arriba, pulir y abrillantar. Lo que tampoco garantiza un buen acabado.